1、 两者法律地位不同
有限合伙企业不是法人，所以要由全体合伙人承担民事责任。
公司是法人，公司可以对外承担民事责任。
承担民事责任的方式主要有：停止侵害；排除妨碍；消除危险；返还财产；恢复原状；修理、重做、更换；赔偿损失；支付违约金；消除影响、恢复名誉；赔礼道歉。
2、 股东责任不同
有限合伙企业由普通合伙人和有限合伙人组成。gp（普通合伙人）对合伙企业债务承担无限连带责任，lp（有限合伙人）以其认缴的出资额对合伙企业债务承担责任。lp（有限合伙人）转变为gp（普通合伙人）的，对其作为lp（有限合伙人）期间合伙企业发生的债务承担无限连带责任。gp（普通合伙人）转变为lp（有限合伙人）的，对其作为lp（有限合伙人）期间合伙企业发生的债务承担无限连带责任，之后作为lp（有限合伙人）期间合伙企业发生的债务承担有限责任。lp（有限合伙人）如果退伙，对他退伙前原因发生的有限合伙企业债务，他要以自己退伙时从有限合伙企业中取回的财产承担责任。
而公司的股东以出资额为限承担责任。没有无限连带责任一说。
目前《深圳经济特区个人破产条例（征求意见稿）》是国内个人破产制度试点城市，所以有不少公司去深圳注册公司。
3、 税负不同
公司需要按25%税率缴纳企业所得税（特殊行业、高新技术企业有优惠）。利润分给股东时，股东需要按'股息、分红'项目缴纳20%个人所得税。
有限合伙企业不缴纳企业所得税，利润分给合伙人时，由合伙人比照"个体工商户的生产经营所得"，按照5%~35%的五级超额累进税率，缴纳个人经营所得税。如果是非居民企业作为有限合伙人的话，按10%交企业所得税。有限合伙企业的法定纳税地点是合伙企业实际经营地，就是合伙企业注册的所在地。在哪里注册就在哪里缴税。目前新疆的税收政策是最优惠的。
公司可享受小型微利企业税收优惠，但有限合伙企业不能享受这个优惠。
个人独资企业不是法人，它的税收很优惠，但不能拿来做持股平台。
以上是个人浅见。欢迎补充。