股份有限公司股东变更登记的程序：
1、申请人依法申领、报送《公司登记(备案)申请书》和其他有关材料;
2、登记机关收到登记申请后，对申请材料是否齐全、是否符合法定形式进行审查。根据情况不同作出是否受理的决定;
3、需要对申请材料的实质内容进行核实的，需派两名以上工作人员，对申请材料予以核实。经核实后，提交“申请材料核实情况报告书”，根据核实情况作出是否准予登记的决定;
4、登记机关决定予以受理的，应当出具《受理通知书》;
决定不予受理的，应当出具《不予受理通知书》，并注明不予受理的理由;
5、对决定受理的登记申请，分别情况在规定的期限内作出是否准予登记的决定。登记机关作出准予公司变更登记的，应当出具《准予变更登记通知书》。
6、发照。
【法律依据】
《公司法》第一百三十七条，股东持有的股份可以依法转让。
《公司法》第一百三十八条，股东转让其股份，应当在依法设立的证券交易场所进行或者按照国务院规定的其他方式进行。